Evolution ou La Fabuleuse Odyssée des Microbes
5 – Que nous dit l’histoire de l’évolution sur les microbes.
Eric Bapteste extrait de son livre « Tous entrelacés »
« Incontestablement, les êtres vivants sont le résultat d’une longue histoire, mélange de stases et de transformations. Mais cette histoire n’est pas seulement celle d’une divergence et d’un remplacement perpétuel des formes de vies antérieures par des successeurs plus heureux. Elle se caractérise surtout par des causes multiples, des relations entre de nombreux acteurs, de séries de courte-échelles évolutives entre lignées. En un mot, c’est une histoire de collectifs, c’est une histoire d’interactions. »
« Les collectifs sont un élément incontournable, récurrent dans le fonctionnement et dans l’évolution du vivant, et ce depuis des milliers d’années. »
L’évolution, à mon avis, repose sur l’utilisation d’éléments existants, combinés pour créer de nouvelles structures ou entités. Tout commence avec les atomes. Leur assemblage forme des molécules. Par exemple, deux atomes d’hydrogène associés à un atome d’oxygène donnent naissance à une molécule d’eau, entièrement différente des atomes qui la composent. En chauffant cette molécule d’eau, on peut retrouver l’oxygène et l’hydrogène.
De l’association des molécules émergent les premières cellules, puis les bactéries.
Un partenariat entre bactéries a donné naissance aux cellules eucaryotes, à l’origine des cellules animales et végétales.
Par la suite, des communautés cellulaires ont permis l’émergence d’organismes de complexité croissante, allant des végétaux les plus simples jusqu’aux êtres humains.
Les microbes ne sont pas seulement à la base de la vie, ils habitent et sont essentiels à tous les êtres vivants sur notre planète.
Toutes les formes de vie, y compris l’homme, sont des organisations microbiennes en constante évolution.
Les microbes sont nos ancêtres et constituent le fondement de tous les êtres vivants sur Terre. Ils ont su s’adapter, survivre à toutes les extinctions, et renaître sous de nouvelles formes, avec de nouvelles organisations et espèces. Si l’humanité venait à disparaître — ce qui, compte tenu de notre tendance à l’autodestruction, n’est pas impossible — les microbes sont prêts à nous remplacer par d’autres formes d’organisation.
Les bactéries ont tout inventé : la photosynthèse, la respiration, la production d’énergie via les mitochondries, et même le sexe ainsi que la reproduction.
Vous connaissez la phrase « ce qui est vrai pour la bactérie est vrai pour l’éléphant ». Cela s’applique au niveau moléculaire et cellulaire. Cependant, ce qui importe à l’éléphant se situe à un niveau d’organisation supérieur, inconnu de la bactérie. Pourtant, sans les bactéries, ce niveau supérieur ne pourrait exister, car elles constituent les fondations permettant l’émergence de nouvelles formes d’organisation, générant ainsi la diversité des espèces qui peuplent la Terre. Tout être vivant, à sa mort, retourne à l’état microbien.
Les microbes sont la source de toute vie.
Lorsque vous prenez un antibiotique, vous détruisez la vie, vous éliminez une partie de vous-même. Le terme « antibiotique » signifie littéralement « contre la vie ». L’usage excessif et inconsidéré d’antiseptiques, de désinfectants, de détergents et d’antibiotiques, tous toxiques et polluants, constitue une véritable aberration. Les bactéries développent une résistance aux antibiotiques pour assurer leur survie individuelle ainsi que celle de la communauté dont elles font partie, cette communauté pouvant être un être humain.
J’ai observé qu’à l’époque où il m’arrivait de prendre des antibiotiques, j’étais victime de diarrhée. Or, la diarrhée est pour le corps un moyen très efficace et rapide d’éliminer les toxines et les substances toxiques que nous avons ingérées. L’efficacité des antibiotiques n’est pas due à la destruction de bactéries; elle est due au fait qu’elle provoque par la diarrhée un nettoyage du microbiote intestinal. Les toxines étant éliminées, le microbiote peut se regénérer.
Un minimum d’hygiène est nécessaire, mais ça ne doit pas devenir une obsession, une phobie des microbes. Tous les produits qui éliminent 99,9% des bactéries me font horreur car ils sont des destructeurs de vie.
Etant donné le rôle essentiel des microbes dans la constitution des organismes vivants, il me semble que la pensée qui consiste à les accuser d’êtres responsables de maladies dites infectieuses est totalement inappropriée. Notre corps est constitué de micro-organismes à l’état libre ou fusionnés pour former les cellules. Deux possibilités apparaissent :
1 – nos cellules et nos microbes ont besoin d’un environnement favorable pour vivre. Notre mode de vie moderne modifie cet environnement et entraine un dysfonctionnement des cellules et des microbes qui provoque les maladies.
2 –Nos microbes tentent de réparer ce que nous avons abîmé par notre mode de vie délétère, ce qui peut provoquer des symptômes gênants. La maladie est une tentative pour améliorer le milieu cellulaire ou pour adapter les cellules à cet environnement. Les virus et les bactéries ne sont pas responsables des maladies infectieuses. Toutes les maladies, y compris les maladies infectieuses, ont les mêmes causes.
Dans son livre « Microcosmos »,Lynn Margulis nous dit que la vie sur Terre est avant tout une affaire de bactéries, de virus et de micro-organismes. Voici quelques extraits signifiants :
Nous sommes convaincus d’être la forme de vie la plus avancée de la planète Terre. Nous étudions la vie sut Terre comme un prologue à l’être humain. Nous pensons que des formes de vie « inférieures » dépourvues d’intelligence nous ont précédées. Il est absurde de considérer les humains comme spéciaux, à part, suprêmes. Le microscope a progressivement dévoilé l’étendue du microcosme. Il apparaît que les microbes, appelés micro-organismes, germes, insectes, protozoaires ou bactéries, sont non seulement les éléments constitutifs de la vie, mais habitent et sont indispensables à toute structure vivante actuellement connue sur Terre. De la paramécie à la race humaine, toutes les formes de vie sont des agrégats méticuleusement organisés et élaborés de formes de vie microbiennes en évolution. Loin d’être restés en bas de l’échelle évolutionnaire, les micro-organismes nous entourent et nous composent : l’être humain est le résultat de leur évolution.
Les organismes les plus simples et les plus anciens sont les ancêtres et le substrat actuel de l’ensemble des êtres vivants. Je l’ai déjà dit, mais au cas où l’organisme dit le « plus évolué », l’être humain, aurait la bêtise de s’autodétruire, les microbes survivront et continueront leur évolution.
La vision de l’évolution comme une permanente compétition entre individus et espèces, émanant de la déformation de la notion darwinienne de « survie du plus apte », apparaît comme totalement absurde et doit laisser place à une vision nouvelle de coopération, d’interaction et de dépendance entre les formes de vie. La vie n’a pas conquis la planète par la force, elle y a tissé son réseau. Les formes de vie se sont multipliées et complexifiées en en cooptant d’autres, et non en se contentant de les tuer.
Nous minimisons le microcosme parce que nous ne le voyons pas . Pourtant, des trois milliards et demi d’années où la vie a existé sur Terre, l’histoire entière de l’humanité ne représentent pas 1%. De plus, ce petit 1% n’aurait pas pu exister sans les microbes.
Pendant les deux premiers milliards d’années, la Terre était habitée uniquement par des micro-organismes qui ont continuellement transformé la surface et l’atmosphère de la planète. Ils ont inventé tous les systèmes chimiques essentiels à la vie. Cette forme ancienne de technologie a permis le développement de la fermentation, de la photosynthèse, de la respiration oxygénée et de la fixation de l’azote présent dans l’air. Grâce à l’ADN, la cellule peut se reproduire, contourner la mort et préserver son identité au fil des générations.
Depuis une cinquantaine d’années, les bactériologistes ont mis en évidence chez les procaryotes des transferts rapides et routiniers de matériaux génétiques d’un individu à l’autre , et d’une espèce à l’autre.
Ces transferts se font également à l’intérieur de notre corps.
Chaque bactérie dispose à tout moment de gènes accessoires, provenant de lignées parfois très éloignées, qui remplissent des fonctions que son propre ADN ne peut pas réaliser. Certains de ces matériaux génétiques, comme les virus, se recombinent aux gènes de la cellule native, d’autres sont à nouveau transmis. Dans certains cas, ils peuvent s’introduire rapidement dans l’appareil génétique de cellules eucaryotes.
Toutes les bactéries du monde ont accès à un capital génétique unique, et à travers celui-ci, elles peuvent bénéficier des mécanismes d’adaptation de tout le règne bactérien. C’est par ce moyen que l’évolution s’est réalisée et non pas par des mutations dues au hasard.
En s’adaptant constamment et rapidement aux conditions de l’environnement, les organismes du microcosme soutiennent l’ensemble des êtres vivants par leur réseau mondial d’échanges qui, en fin de compte soutient tout être vivant sur Terre.
Le super-organisme mondial que forme les bactéries par leur communication et leur coopération a ainsi rendu la planète fertile et habitable pour des formes de vie plus grande.
Nous les êtres humains, organismes du macrocosme, continuons d’interagir avec le microcosme et de dépendre de lui, comme nous dépendons les uns des autres.
Un agrégat de cellules spécialisées peut devenir un organe comme par exemple le microbiote intestinal. L’évolution continue en nous.
Il n’est pas absurde de postuler que la conscience même qui nous permet d’explorer les accomplissements de nos cellules naquit peut-être de la concertation de millions de microbes qui mirent leur faculté en commun et évoluèrent pour devenir le cerveau humain. »
Nous devons avoir confiance en notre corps et en les consciences collaboratives qui le composent. Plaçons notre foi dans les processus naturels de guérison du corps.
Chaque cellule, chaque micro-organisme dispose d’une certaine forme de conscience et participe à notre propre conscience.
Notre ADN dérive, à travers une séquence ininterrompue, des mêmes molécules que les plus anciennes cellules qui se formèrent sur les bords des premiers océans, chauds et peu profonds. Nos corps, comme ceux de toute vie, préservent l’environnement de la Terre primitive.
Les êtres humains sont des recombinaisons de puissantes communautés bactériennes et virales qui ont une histoire vieille de plusieurs milliards d’années. Nous faisons partie d’un réseau qui remonte à la prise de possession de la Terre par les bactéries et les virus.
Nous savons que les bactéries sont les championnes de l’adaptation. Comme elles constituent nos cellules dites humaines, elles leur permettent de s’adapter en permanence.
Quand on regarde les choses d’un peu plus près, on constate qu’aucun organisme animal n’existe sur cette Terre sans microbes ni virus. Nous sommes humains, mais cette humanité repose sur un socle viral et bactérien qui assure tout le fonctionnement de notre corps et son adaptation à de nouveaux environnements.
Les microbes jouent un rôle essentiel dans le développement des animaux, y compris des humains, en influençant leur résistance aux conditions environnementales, leur homéostasie, certains comportements individuels et sociaux, ainsi que leur reproduction. Les scientifiques évoquent un consortium de cellules animales et microbiennes. Cependant, il serait plus juste de parler d’un consortium de cellules microbiennes constituant à la fois les cellules animales et les cellules microbiennes libres, comme le microbiote intestinal. Le système immunitaire ne se conçoit plus comme une défense contre les micro-organismes pathogènes, mais plutôt comme un régulateur des populations microbiennes, assurant leur équilibre optimal pour leur fonctionnement et notre santé.
« Les animaux sont à la fois animaux et microbiens et présentent un grand nombre de caractéristiques morphologiques, physiologiques, comportementales, développementales, écologiques et évolutives générées par les communautés microbiennes et mises à la disposition de l’animal.
Eric Bapteste : « On pourrait penser qu’il est peu de systèmes biologiques plus intimes, plus singuliers que le système immunitaire de chaque individu, ni de plus importants puisque, suppose t-on de longue date, il permet de combattre les odieux microbes qui nous assaillent. Curieusement, les études sur l’holobionte sont en train de renouveler en profondeur ces deux conceptions pleines d’apparent bon sens. D’une part, le système immunitaire est coconstruit par les microbes ; il n’est donc pas le seul fait d’un organisme animal. D’autre part, sa fonction principale ne serait pas de tenir à l’écart nos ennemis minuscules, mais d’accueillir au mieux nos microscopiques partenaires intérieurs. »
« L’immunité devient ainsi un double problème : une question de défense collective macrobe microbes et une question d’identité, de maintien d’une équipe qui gagne. L’importance de contrôler les interactions bénéfiques plutôt que de se défendre, serait donc centrale dans l’évolution du système immunitaire inné. »
Des recherches ont montré que les bactéries font partie intégrante du système immunitaire des animaux. Les microbes résidents sont impliqués dans la maturation des lymphocytes T, la production des immunoglobulines A, la sécrétion de mucus protecteur.
L’animal sélectionne les microbes qui contribuent à le construire et à le faire fonctionner.
Même le fonctionnement du cerveau semble dépendre en partie de la présence de micro-organismes situés ailleurs dans le corps de leur hôte. Les microbes intestinaux produisent près de 30% des molécules qui se retrouvent dans la circulation sanguine des mammifères, laquelle irrigue tous les organes. Parmi ces molécules figurent de nombreux neurotransmetteurs.
« Il semblerait même que les microbes échangent des informations avec le cerveau de leurs hôtes. »
La composition des communautés microbiennes change également en réaction aux modifications alimentaires de l’hôte, aux changements de température, à la présence de toxines ou d’antibiotiques dans leur milieu de vie.
Le collectif macrobe-microbes peut s’adapter à son environnement en recrutant des microbes et des gènes dans l’environnement. Ces traits acquis sont ensuite transmis aux générations successives.
« Les virus manipulent et co-construisent les cellules.
« On soutient généralement que les virus pour fonctionner et se reproduire dépendent de leurs hôtes. Mais l’inverse après tout, est également vrai !
En permanence les microbes nous visitent, nous colonisent et nous construisent.
L’évolution : une histoire de collectifs !
L’évolution apparaît comme un magnifique réseau de complicités et d’interactions entre individus d’une même espèce, mais aussi entre les individus d’espèces différentes.
Tout est pluriel. L’histoire de l’être humain et de beaucoup d’êtres vivants dépend de nombreux collectifs. Ce sont des groupes moléculaires, viraux, bactériens, cellulaires, végétaux, animaux qui, s’appuyant les uns sur les autres, sont responsables de l’histoire évolutive.
La collectivité, l’entraide, l’échange, le partage d’informations sont incontournables et indispensables dans le fonctionnement et dans l’évolution du vivant. Je le répète, nous sommes très loin de la vision réductrice du Darwinisme qui voit l’évolution comme une lutte pour faire sa place au détriment des plus faibles.
L’histoire évolutive commence par l’infiniment petit. Dès le départ, les collectifs apparaissent indispensables. La biologie moléculaire nous dit que les protéines naissent depuis des gènes. Cependant, les gènes sont entretenus, recréés et répliqués par des protéines. Pas de protéines sans gènes et pas de gènes sans protéines. Tout est intriqué.
La vie dépend fondamentalement de l’organisation des atomes, des molécules et des gènes et de leurs associations en collectifs. Les molécules de différents types interagissent entre elles. Elles créent des dépendances, des interdépendances, des associations, des réseaux. L’évolution n’a plus rien à voir avec l’idée de compétition qui veut que seul le plus fort gagne et que les faibles disparaissent. Le faible peut faire partie d’un réseau d’entraide et ainsi continuer d’exister.
Les cellules dérivent toujours d’autres cellules ce qui signifie qu’elles sont toutes apparentées : du virus au supervirus, à la bactérie, à la cellule eucaryote, à la cellule végétale, à la cellule animale.
Les cellules fonctionnent et se transforment en entrelaçant, voire en emboîtant des partenaires pas forcément apparentées.
Les collectifs sont partout dans l’histoire de l’évolution. Un collectif prolonge ce qu’un autre a initié.
La cellule se sert de l’énergie que les mitochondries extraient de l’oxygène, et les mitochondries utilisent les acides organiques que la cellule rejette comme déchets.
A noter que au lieu de les considérer comme des déchets, on peut y voir une coopération l’un produisant ce dont l’autre a besoin. Quand ce processus s’arrête nous mourons.
Les grands organismes eucaryotes sont issus de procaryotes plus petits. Ils ont remporté une victoire ensemble, par la coopération, dans l’art de vivre en commun.
Les êtres plus complexes comme les champignons, les végétaux et les animaux, sont formés de collectifs cellulaires, ce qui élargit leur conscience.
L’évolution est une suite d’associations.
Les protocellules, ces petites structures à la limite du vivant, se sont associées, ont échangé des morceaux de code génétique pour aboutir à l’apparition des bactéries.
Les bactéries se sont multipliées, ont collaboré, se sont différenciées en espèces innombrables. Elles ont tout inventé et ont pu ainsi coloniser toute la planète. Les bactéries et les virus, même de nos jours, constituent la forme de vie dominante et contrairement à ce que l’on pense généralement, c’est largement à notre avantage.
Les bactéries s’associent, coopèrent, s’échangent du code génétique même entre espèces différentes. Un système d’organisation décisif apparaît : la cellule eucaryote = qui possède un noyau renfermant le code génétique, contrairement aux bactéries qui sont des cellules procaryotes = sans noyau. D’où vient la cellule eucaryote ? Elle n’est pas apparue comme ça par magie. Ce sont des bactéries créatives, innovantes qui ont mis au point un nouveau système d’organisation : plusieurs bactéries se sont associées, ont mis leur code génétique à l’abri dans une structure que nous appelons noyau. Les mitochondries, les centrales énergétiques de nos cellules, sont des bactéries. Les cellules eucaryotes vont à leur tour coopérer, s’assembler, se différencier, s’échanger du code génétique. Les cellules eucaryotes vont donner les cellules végétales et les cellules animales.
Science&vie N°1240 Janvier 2021 ;
«La grande majorité des familles de virus restent à décrire et à classer. Un défi encore compliqué par leur évolution rapide qui conduit à l’émergence de lignées nouvelles, et par la rareté relative de leur matériel génétique dans les échantillons prélevés », notait en mai dernier Ilya Plyusnin, de l’Institut de biotechnologie d’Helsinki. Les virus sont aujourd’hui l’une des principales boites noires du microbiote. Or, chaque bactérie en porte en moyenne dix espèces différentes ! Tout indique en fait que les virus sont au cœur de la machine microbienne.«
Nous pensons être une personne, mais il y a plus de bactéries, de champignons et de virus que de nous-mêmes. Le corps humain est une association de bactéries maintenue en équilibre par le système immunitaire et le cerveau. Cette association s’adapte en permanence à son environnement : les cellules génèrent des micros ARN qu’on appelle virus, pour échanger de l’information entre cellules, entre organismes ou entre espèces.
Les bactéries et les virus nous maintiennent en vie ainsi que toutes les espèces vivantes sur la Terre. Sans bactéries et virus nous n’existons pas. Il n’y a pas de virus pathogènes, pas plus que de bactéries pathogènes. Et nous, les êtres humains, dits supérieurs, nous nous acharnons à détruire ce qui nous donne vie.
Partant de l’idée de germes pathogènes et voyant l’évolution comme une guerre sans merci, on considère l’évolution comme une guerre entre micro-organismes, les uns infectant les autres. On imagine des scénarios invraisemblables alors qu’il est si simple de voir l’évolution comme ce qu’elle est, une coopération entre micro-organismes de même espèce ou d’espèces différentes.
Conclusion.
Le corps humain est une forme d’organisation, une forme de vie inventée par les microbes. Le corps humain est microbien. L’élément de base est la protocellule : elle peut être à l’état libre ou former, par association. les bactéries et les cellules dites humaines.
Ces milliards d’êtres vivants, qui composent notre corps, coopèrent, s’entraident, vivent en harmonie, s’autoréparent et s’autorégulent pour nous permettre de respirer, de marcher, de penser, d’imaginer, de réaliser, d’aimer. Ce collectif microbien assure, chaque jour, notre survie, sans rien nous demander ou presque : il nous demande de lui assurer un environnement favorable à leur existence, à leur fonctionnement.
La cause de toutes les maladies, y compris les maladies dites infectieuses, est un environnement défavorable à la vie des microbes entraînant un dysfonctionnement des cellules, des organes. Les maladies ne surviennent pas par hasard.
Pour rester en bonne santé, nous devons veiller à donner aux êtres vivants qui nous composent, un milieu favorable à leur existence : alimentation saine, exercice physique, sommeil de qualité, environnement sain, bonne gestion du stress, relations sociales, spiritualité, croyances bienfaisantes.
Attribuer les maladies infectieuses à des germes pathogènes venus de l’extérieur est une erreur. Oui des microbes pénètrent dans notre corps en permanence et, pourtant, nous ne sommes pas malades en permanence. Le rôle des microbes n’est pas de nous rendre malades. Les microbes pathogènes n’existent pas. Certains s’adaptent à notre milieu corporel et apportent leur contribution au fonctionnement de notre corps. D’autres ne font que passer.
Les maladies sont des tentatives d’adaptation des microbes à l’environnement que nous leur créons. Cetta adaptation peut provoquer des symptômes. La diarrhée est un moyen efficace, simple et rapide d’éliminer une substance toxique que nous avons consommée.
Les microbes sont partout. Exemples :
-Sous chacune de nos aisselles se trouvent 16 millions de bactéries
-Lors d’une poignée de main, 34 millions de microbes sont échangés.
-Dans un gramme de terre fertile il y a plus de 100 millions de bactéries et ce sont elles qui rendent la terre fertile.
-Nous sommes en permanence en contact avec des milliards de microbes, à l’intérieur de nous et à l’extérieur, par l’air, l’eau, l’alimentation… Nous n’en sommes pas pour autant malades.
-Des chercheurs ont absorbé des germes du choléra sans contracter la maladie.
-Le lien est bien établi entre l’ulcère à l’estomac et une bactérie, helibacter pilori. Mais, on ne comprend toujours pas pourquoi seule une petite partie des personnes infectées par cette bactérie va effectivement avoir un ulcère.
Le bacille de la tuberculose peut ou non entraîner une tuberculose chez les individus porteurs du bacille.
Toutes ces apparentes contradictions s’expliquent si l’on admet qu’il n’existe pas de microbes pathogènes et que l’on considère que les microbes nous sont utiles et indispensables.
Je conclues par cette citation qui résume tout:
Francis Cance, psychologue :
» Les virus et les bactéries sont des co-existant et des cohabitants du système de la vie, depuis le début de la phylogenèse ( histoire évolutive des espèces). Je ne crois pas que la vie, qui a fait ses preuves depuis des milliers d’années, soit assez stupide pour se créer des ennemis dans le but de s’autodétruire. »
Voyez-vous les microbes d’un autre œil ? Etes vous convaincus de leur utilité? Vous avez encore des réticences? Continuez à me lire car j’ai encore de nombreux arguments à vous présenter.
